Bảo tàng số bao gồm Phòng Khánh Tiết và các Phòng Trưng Bày theo chuyên đề. Trong đó, Phòng Khánh tiết cung cấp thông tin về các Chủ tịch và Bí thư theo các giai đoạn, cũng như các phần thưởng cao quý mà Nhà nước trao tặng cho Đoàn, Hội và Đội. Phòng Trưng bày bao gồm hai phần chia thành hai hành trình thời gian, lấy chủ đề là Khát vọng độc lập, thống nhất non sông (1931 – 1975) và Khát vọng xây dựng và bảo vệ Tổ quốc xã hội chủ nghĩa, đổi mới và phát triển đất nước (1975 đến nay). Ngoài hai phòng chính còn có khu vực Lễ Tân và Sưu Tầm Hiện Vật..

Đây là kho tư liệu sống động, lưu trữ nhiều bức ảnh quý của Chủ tịch Hồ Chí Minh và các tấm gương thanh niên tiêu biểu từ 1931 đến nay (Ví dụ: Lý Tự Trọng, Võ Thị Sáu, Kim Đồng, Trần Văn Ơn,..). Hoạt động, đời sống của cán bộ, chiến sỹ, nhân dân trên quần đảo Trường Sa, Nhà giàn DK1, các lực lượng đang ngày đêm canh giữ chủ quyền biển, đảo, thềm lục địa thiêng liêng của Tổ quốc; hình ảnh tuổi trẻ cả nước hướng về biên cương, hải đảo bằng nhiều hoạt động, đóng góp thiết thực; các hoạt động sáng tạo của Đoàn Thanh niên Cộng sản Hồ Chí Minh góp phần tuyên truyền, bảo vệ môi trường, chủ quyền biển, đảo; giải pháp sáng tạo, hoạt động thiết thực nhằm phát triển kinh tế biển cũng được lưu trữ và trưng bày trong không gian ảo một cách chính xác, rõ ràng và khoa học.

Đặc biệt, bên cạnh công nghệ dựng hình 3D tạo lập không gian ảo, SEAP VR sử dụng kỹ thuật chụp scan 3D hiện vật để tái hiện lại mô hình 3D của nhiều hiện vật quý, như tượng anh hùng Kim Đồng, tượng anh hùng Lý Tự Trọng và bộ quân phục của Anh hùng Lực lượng vũ trang nhân dân Trịnh Tố Tâm, cùng nhiều hiện vật gắn liền với các anh hùng lịch sử khác. Các huy hiệu, báo, tem, lý lịch, thẻ Đoàn viên, giấy giới thiệu và cờ cũng được sưu tầm và trưng bày trang trọng trong không gian bảo tàng.